当期应纳税额=当期内销货物的销项税额－（当期进项税额－当期免抵退税不得免征和抵扣税额）
这个公式比较容易理解，其中括号里面两项相减的实质含义就是当期准予从内销货物销项税额中抵扣的进项税额以及本应出口退税的进项税额。理论上说，准予抵扣的进项税额只能是当期进项税中属于生产内销产品所消耗的材料物资对应的部分，但是因为时间等原因造成的差异，致使无法明确辨析，只能采用人为的简化确定方式，即通过当期全部进项税额减去当期免抵退税不得免征和抵扣额这种方式来计算。而这个部分中不光有当期内销货物可以抵扣的进项税，还有出口货物应退的进项税额，将这两个部分全部视同进项税额来抵扣当期内销货物的销项税额，实际体现的是免抵退的抵顶过程，即以应免退税额抵顶内销应纳税额的过程。
括号中后面的这个概念比较拗口，所谓当期免抵退税不得免征和抵扣额意味着，按照免抵退税制度进行计算时，“不得免征”和“不得抵扣”的两部分进项税额，不得免征的原因，这部分的计算公式是后面的四，具体可以参见这部分分析。